Poważniejsze powikłania prawidłowo leczonej choroby Stilla występują bardzo rzadko. Niemniej w najostrzejszych lub nieleczonych przypadkach może dochodzić do poważnego uszkodzenia stawów, zwyrodnień i spadku ich ruchomości. Nieustający stan zapalny to duży stres dla rozwijającego się organizmu.

Hamuje to wzrost dziecka, na który nie starcza już po prostu organizmowi sił. W najostrzejszych wypadkach dochodzi do ciężkich zmian narządowych ze względu na uogólnione zapalenie całego organizmu, przewlekłą gorączkę oraz zaburzenia procesów biochemicznych wynikłe z powyższych powodów.